病毒：由于病毒寄生生存，爆發(fā)后盡快和正常細胞隔離，丟棄處理，相對來說容易處理，對操作者威脅較大;盡管病毒污染的細胞不影響原代培養(yǎng)，但生產(chǎn)疫苗是不安全的。因此，二氧化碳培養(yǎng)箱潛在病毒是細胞大量生產(chǎn)和疫苗、干擾素等生物制品制作中的難題。

　　真菌：真菌生長的比較慢，不象細菌那么容易被發(fā)現(xiàn)，但是一旦發(fā)現(xiàn)有它的存在細胞就被污染了;目前沒有好的抑制方法，包括現(xiàn)在常用的兩性霉素，一旦污染容易反復(fù)爆發(fā)，尤其孢子很難殺滅。

　　支原體：支原體污染后，因為它們不會使細胞死亡可以與細胞長期共存，培養(yǎng)基一般不發(fā)生渾濁，細胞無明顯變化，外觀上給人以正常感覺，實則細胞已經(jīng)受到多方面潛在影響，如引起細胞變形，影響DNA合成，抑制細胞生長等，往往被大多數(shù)實驗者忽視。

　　細菌：細菌污染后，培養(yǎng)基1-2天就會變色，對細胞生長影響明顯，應(yīng)迅速將污染細胞與其它細胞系隔離，滅菌后丟棄，還要用實驗室消毒劑消毒培養(yǎng)器皿和超凈臺。